在南海争端中，最不可回避的一个障碍就是中国的九段线。在南海划上这么一段U形线可以追溯到二十世纪三十年代。当时有一些爱国人士深感中国海疆受侵占，于是就在一些地图上画上这么一种U形线，以表示中国的海疆范围。比如1936年白眉初编写的《中国建设新图》就有类似的断续线。在这幅图上仅仅说这些地方是“我国渔民生息之地，其主权当然归我”。没有任何证据表明，这些文人在划上这么一条线的时候有什么依据，做过什么调查。几乎可以很肯定地说，这只是一条非常之主观的线。
林遵在西沙和南沙宣示主权之后，中国政府决定进一步确定中国在西沙和南沙的领土范围。于是在1947年内政部方域司出版了《南海诸岛位置图》，在地图上划了11段折线。当时的民国政府声称这段线是中国的海疆线。1953年中华人民共和国把北部湾的两段去除，于是就成为现在我们熟知的九段线（以后通称九段线）。
尽管中国一直坚持九段线，但是不管是民国政府还是共和国政府都从来就没有清晰明白地说明九段线到底是什么，也从来没有明确表达过在九段线范围内中国有什么权利和义务，甚至没有公布坐标。中国官方对九段线的称呼有的笼统地称为海疆，正式一点就称为历史疆界线，更加模糊地就称呼为南海诸岛的临近海域。
"九段线"之内的南沙群岛大部分都被周围各国长期使用，算不算越界占领了"九段线"内岛礁？国际上一般都认为，在南海争端的谈判中，九段线就是中国最大的要价。可是即便连中国的专家，对于这个要价有什么法理基础也是模糊不清的。在2011 年6月，凤凰卫视的一虎一席谈谈到南沙的问题时，一个退休的将军兼著名的军事专家在提到九段线的时候还说：希望国内的专家尽快整理出九段线的法理基础，以便中国在谈判中应用。
为什么九段线的法理基础这么困难呢？其根本原因就是九段线的概念是中国积极推动而达成的，这与得到世界绝大部分国家认同的《国际海洋法公约》相矛盾。
首先，九段线范围极大，除了西沙和南沙之外，在九段线的西南部有一大片海域没有任何岛屿，这些线却几乎都划到了菲律宾、马来西亚、文莱和越南等国的家门口。即便按照中国的主张，西沙和南沙所有岛屿都属于中国，然后按照所有有权申请专属经济区的岛屿为基线，得出的范围也比九段线要小。
这里引用一份民间的地图说明这一点。地图来源于维基文库，是一份关于东亚和东南亚各国领海争端的总图。在其中的南海部分，假定所有有争议的岛屿全属中国，再根据中国公布的西沙群岛海基线，以及南沙群岛中涨潮时能露出水面的岛屿所计算得的海基线来计算出中国的专属经济区。
西沙群岛：包括以永兴岛为主的宣德群岛和以永乐环礁为主的永乐群岛，基本由中国大陆控制。
中沙群岛：主要包括中沙大环礁和以黄岩岛为主的中央海山，基本由中国大陆控制。
以上三个争议不大，争议主要集中在南沙群岛，就是习惯上所说的六国七方，如下：
中国台湾：控制郑和群礁中的太平岛和中州礁；
中国大陆：控制中北部的安达礁和南薰礁、西门礁、东门礁、安乐礁、主权礁、牛轭礁、赤瓜礁，以及渚碧岛、永暑岛；东北部的美济岛、信义礁、半月礁、蓬勃暗沙；西南部的华阳礁和中南部的琼台礁。
越南：控制中北部和西南部近30个岛礁，还声称拥有全部南沙群岛的主权；至2008年底，越南已从南沙油田中开采了逾1亿吨石油、1.5万亿立方米天然气，获利250多亿美元。越南也因此成为南海最大的既得利益获得者。
菲律宾：控制中北部和东北部约13个岛礁；
马来西亚：控制中南部约17个岛礁；
文莱：中南部的南通礁，经济海域与中、马声索有重叠；
印尼：无岛屿争执，但经济海域伸入南海九段线内，包括其油气田。
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